Pokud předpokládám, že ti jde o to, aby program byl spuštěný a jeho ikona nebyla v trayi, tak tam asi není moc šance, jedině že ten program sám umožňuje někde v jeho nastavení "hide tray icon". Pokud tam má programátor natvrdo zakomponované, že se to bude ukazovat v trayi, tak asi smůla.

edit: pokud ti jde o nespuštění programu, tak HKLM/Software/Microsoft/Windows/Current Version/Run případně RunOnce nebo to samý v HKCU. Nebo použít Autoruns od Sysinternals a tam zrušit spouštění. Případně msconfig a vypnout to tam..... Ale to asi není ono?