Jak to dělám já:
1) "demuxuji" na samostatné stopy pomocí ProjectX (možno použít PVAStrumento a jistě i další, ale ProjectX nemá konkurenci)
2) stopy načtu v TMPGEnc DVD Author, provedu jednoduchý střih, nastavím kapitoly, menu... a následně provedu authoring
3) dle potřeby následuje vypálení

Oddělené stopy netřeba před authoringem spojovat, je-li však třeba získat mpeg/vob, doporučuji z free programů ImagoMPEG-Muxer.

Pokud chceš střih nadále provádět v tebou zmíněném programu, silně doporučuji dělat ho na již chyb prostém videosouboru. Nejprve opravit, potom stříhat.
Takže např.: 1) demux v ProjectX (nenech se přemlouvat), 2) střih ve Womble MPEG-VCR, 3) authoring v ReJig (?)
Pokud ReJig ani tentokrát nezblajzne bez rozseparování stop ten videosoubor, je buď natvrdlej on nebo Womble!

edit: ProjectX (0.90+) má tolik možností nastavení, že by dost možná zastoupil i jiné úkony v procesu zpracování. Nikdy jsem ale nenašel dost odvahy na to si s ním dostatečně pohrát. :)