dualboot vista / xp se tu víckrát řešil, použij vyhledávání vpravo
fixmbr + fixboot + boot.ini jsou nástroje win2k/xp, vista už to má zas jinak, oprava pomocí: bcdedit /?
minimálně doporučuju systémové soubory z kořene disku, který chceš mazat, kopnout i na druhý disk (samozřejmě bez swapu a dalších blbostí)