zkusím popsat své zkušenosti:

ext2fs - vhodný pro oddíly, kde se data prakticky nemění, nebo oddíly, které se normálně nemountují (např. /boot). Jinak nedoporučuju moc používat.

ext3fs - žurnálovací fs, průměrný uživatel s ním neudělá chybu. Rozšířený, celkem bezproblémový, existují bezproblémové opravné nástroje. Používám většinou na domácí "testovací" servery a většinu produkčních serverů.

reiserfs - (rovněž žurnálovací) asi nejlepší fs na routery a obecně zařízení, kde je důležitá integrita a spolehlivost. Rychlý na malých souborech, naopak pomalý na velkých.

xfs - (rovněž žurnálovací) - ten jsem použil jen jednou na velkém diskovém poli. Byl dost rychlý, ale byly problémy s podporou.