podívat se v jakém režimu jede disk: http://pc.poradna.net/question/view/186007-pomaly-z apis-na-sata-disk
pro jistotu přeinstalovat ovladače chipsetu - free everest by ti měl sdělit co máš za vyměněný chipset na desce, stáhnout od výrobce.
možná i prozkoumat bios, co tam acer nastavil jinak (bohužel, v posledních letech shitózní značka se shitózním servisem, časy a kvalita oem dodavatele notebooků texas instruments jsou dávno pryč)
nová instalace windows by pomohla, pokud nemáš xp a sata disk - s ním je instalace xp na další bolení hlavy
ještě: nějakým memtestem otestovat paměti zda se jim v nové desce daří. pokud bude hlásit chyby, celou shitopravu reklamovat.