Obávám se, že jsou pouze tato 2 řešení:

1. pro Pasivní připojení: forwardovat porty TCP (např. 6000-6100) na tvůj Win server a zároveň na tyto porty omezit FTP server IIS (viz link). Předpoklad je samozřejmě ten, že máš tzv. chytrý router, který dokáže transformovat PORT příkazy serveru. Případně můžeš použít jiný FTP server, kterému je možno nastavit v konfiguraci jinou IP adresu pro PORT příkaz

2. pro Aktivní připojení: zkontrolovat, zda máš v puppy funkční oba ftp iptables helper moduly (tj. buď zakompilované nebo zavedené pomocí insmod - v tvém případě je to ftp_conntrack). Pokud ne, či pokud to nefunguje, bude asi potřeba otevřít na Puppy v iptables, tabulka INPUT porty 1024-65535 (případně méně, ale nastavit v klientovi dané porty jako porty pro PORT direktivu). Z hlediska bezpečnosti pak asi bude vhodné povolit to jen pro (vnější) IP adresu tvého serveru/routeru, i když toto řešení se mi vůbec nelíbí.