V nastaveniach apachu je direktiva Override All .... ktora vravi ze htaccess moze prepisat vsetky nastavenia A.
Ale silno predpokladam ze to nastavene mas.
Ja som si myslel ze tvoj problem bude v tych cestach .... ze ti to nesmeruje do spravneho priecinka... ale ked vravis ze si to skusala, tak potom nevieeeem