na FAT32 nebudeš moci řídit práva, je relativně nestabilní a navíc má omezení na max 4GB na jeden soubor (možná to mají ohackované a krabička interně splituje po 4GB, ale osobně bych se tomu vyhnul).
Jako ideální považuju ext3, je spolehlivý, žurnálovací a relativně rychlý (na funkce které poskytuje) a podporuje zabezpečení (a samozřejmě nemá omezující limity viz fat32).
To FTP asi budeš muset přiblížit více. Jak nastavuješ ty cesty pro chroot?