Rozhodně bych to násilně hned nekonvertoval.Mkv je multikontejner.Použij http://www.videohelp.com/tools/MKVExtractGUI tím si vyextrahuj jednotlivý části(pokud budeš mít štěstí bude tam avíčko s divx/xvid,normál. player přehraje),který maximálně muxneš s audiem zpátky dohromady.