Sice je to dlouho na tohle téma odpovídat, ale taky jsem řešil podobný problém a odpověď tady vlastně neni, takže je to spíš pro ty co s tím mají problém v současnosti.

Je tady spousta možností co provedl s mechanikama. Jednou z těch pravděpodobných je to, že změnil nastavení v BIOSu a tudíž je systém ani nezaregistruje.

Ohledně Správce spuštění systému Windows je u Win XP právě zmíněný boot.ini. U novějších Windows je Boot Configuration Data, který je integrován přímo do systému. To znamená, že je možné ho v Nastavení i upravovat. Právě v nastavení se dá upravit odpočítávání, který program se má spouštět a podobně.

U každýho systému to bude trochu jinak, ale vím, že pomůže Nápověda a do vyhledávání napsat Boot nebo BCD. Poté systém najde návod jak se otravného Správce při spouštění zbavit.