Pokud je to tak, jak píšeš a Win98 jsou nainstalovány a budeš doinstalovávat WinXP, bude to opravdu fungovat tak, jak si představuješ a nebudeš muset nic složitě nastavovat.
Po instalaci WinXP se objeví po spusštění počítače nabídka výběru OS.
Jen jej prosím opravdu nainstaluj na ten další disk.

Zásada (pokud si nechceš komplikovat život) - napřed nainstalovat starší OS a pak novější.
Novější se starším počítá a vyrovná se s tím. Pokud bys napřed nainstaloval WinXP a později chtěl přidat Win98, bylo by to komplikovanější.