martinelek přesně neřekl kterého systému se chce zbavit - který má v lepším stavu a má doinstalované všechny nepadající programy do něj.
pro jednoduchost bych se zbavil toho druhého na d: (a pokud je původní na c: ve špatném stavu tak i toho:)
předtím vřele doporučuju si pojmenovat oddíly s oběma windows, ať vidím co mažu
druhého systému se zbavím tak že mu zformátuju oddíl nebo ho úplně zruším nějakým partition managerem.

ať nezůstane v c:\boot.ini nesmyslná nabídka, vloudila se tam jedna chybka:
disky rdisk(0) se číslují od nuly, oddíly partition(1) od jedničky.

edit: a kdo si strká dokumenty a data do C:\Documents and Settings (nebo na plochu:) dobře mu tak.