Opravdu záleží na konkrétním programu.
Komunikační programy jsou obvykle vázány na nějaké přihlašovací informce - tve uživatelské jméno a heslo a nepočítá se s tím, že by někdo chtěl sučasně komunikovat pod něklika přihlášeními.

Pak si takový program zjišťje, zda již jednou neběží Pokud zjistí, že ano, jen se přepne a podruhé se nespustí. A to pak nezáleží na tom, z jakého adresáře jej spouštíš.
Druhá věc je, kde jsou uloženy datové soubory toho programu. Dnešní programy mají v podstatě jen jednu bezpečnou možnost - v profilu uživatele. Takže i když jej nainstaluješ 3x, stále budou používat pod jedním uživatelem stejná data.