myslím, že v tom máš trochu zmatek.

Jsou chyby, které opravuje přímo firmware disku, a o kterých se uživatel dozví jedině monitoringem odpovídající položky SMART, protože "slabé" a vadné sektory disku jsou automaticky firmwarem remapovány na spare sektory, které má každý disk vyhrazen právě pro tyto účely. Problém nastává v okamžiku, kdy už nejsou volné spare sektory a/nebo dojde k masivnější závadě (např. fyzickým poškozením disku velkým úderem a následné "vyrytí rýhy" hlavou do plotny, příp. jiný podpobný typ poškození). Pak už firmware není schopen chybu transparentně nahradit a disk se již chová jako vadný - tj. pokouší se načíst nečitelná data, hlásí chyby atd. Toto se pak opravuje pomocí chkdsk s kontroloi fyzického povrchu, která je schopna poškozené sektory (resp. celé clustery) alokovat jako poškozené, a tudíž znepřístupnit jiným datům. Toto se již děje na úrovni filesystému.