Zálohuješ to, co sám chceš. Celou složku, nebo jen soubory, záleží na vkusu každého soudruha. Prostě jen to, co potřebuješ zazálohovat, pokud považuješ za důležitou celou složku, zálohuj tedy celou složku.

A pokud potřebuješ zálohovat něco většího, tak to musíš rozdělit na menší soubory. Dělá se to třeba v RARu, kdy zvolíš nulovou kompresi a nastavíš max. velikost souboru 700MB a RAR to zabalí do několika 700MB archivů.