SP3 neobsahuje WGA. Nlite se obecně nedoporučuje, natož na integraci SP3.
Jinak, já jsem SP3 instaloval na virtuální stroj s SP2 a nepozoruji problémy. Ale víc jsem se zatím o SP3 nestaral. Ostatně nenainstaloval jsem zatím ani SP2 pro Server 2003...