ne, máš špatně zapojené disky, ale možná že tvoji novou instalaci ještě nemusíš rovnou smazat - záleží na tom jak moc jsi současný stav ručně "opravoval".
acive nastavený oddíl současného D: by byl v pořádku. špatně ovšem je zapojení disků kdy jsi nechal starý disk jako první - systém ti začne bootovat z d: a narazí na obsah tvého zkopírovaného (d:)\boot.ini:

[boot loader]
timeout=30
default=multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINDOWS
[operating systems]
multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINDO WS="...

ten mu říká že má jít na první viditelný disk (tvoje staré c:) a první partition, tam že je jeho systém. a startují ti staré windows :(

příkaz set vypíše hafo proměnných, ty důležitější jsou (a podle nich vidíš který z tvých systémů vlastně nastartoval):
HOMEDRIVE=C:
Path=C:\WINDOWS\system3 2;C:\WINDOWS;C:\WINDOWS\System32\Wbem
ProgramFiles= C:\Program Files
SystemDrive=C:
SystemRoot=C:\WINDOWS
USERPRO FILE=C:\Documents and Settings\xxx
windir=C:\WINDOWS

staré windows potom tvůj nový viditelný disk označí jako d:, ale kromě ntldr, ntdetect.com a boot.ini z něj nic nepoužívají, a dokud něco nezačneš opravovat, chválabohu ani nehrábnou do nových registrů - vůbec o nich neví.

odpoj starý disk, pro jistou zapoj nový disk jako první pokud to jde*, a mělo by to chodit.
*) nejsem si jistý jak se bude chovat případ: starý disk pata, nový disk sata (čili není co mezi sebou přehazovat). v biosu změnit boot na sata disk, a nějakým partition managerem nastavit active první oddíl z nového sata - zda opravdu bude platit zápis v boot.ini rdisk(0) i pro nový disk. no zkus.