dělá to pokud je v některém panelu tc přímo otevřená ta karta, nebo kdykoliv?
verze tc?

jinak protože mám svoje data rád, vždy nejdřív levým myšem kliknu v systray a nechám "usb disk" odpojit.

ad 1) Ano, dělá to pouze v případě, pokud zapomenu zavřít diskové okno inkriminované karty. TC je verze 7.03.
ad 2) Za léta svého zvrhlého nakládání s kartami a USB zařízeními jsem nikdy nezaznamenal nějaký problém, povstalý tím, že provoz zařízení ukončuji pouze jejich fyzickým odpojením od PC.