Tak smazání funguje s deleteOnExit(); bez problému. (I když jsem volání garbage collector smazal).

Skrytí souborů lze udělat na 100%, ale musím použít nio třídy.

import java.nio.file.Files;
import java.nio.file.LinkOption;
import java.nio.file.Paths;

try {
      Files.setAttribute(Paths.get(absolutní cesta k souboru), "dos:hidden", Boolean.TRUE, LinkOption.NOFOLLOW_LINKS);
      } catch (IOException ex) {
}

Výsledek je úplně stejný - skryje soubor. Sice musím importovat 3 třídy, ale když použiji Runtime, tak se první soubor skrytý nenastaví a nepodařilo se mi zjistit proč.

PS. Nebyl jsi to zrovna ty, kdo říkal, že NIO nepotřebuji?