nejprve ta poslední otázka:

#/bin/bash
omxplayer "$@"
xrefresh -display :0

viz http://elinux.org/Omxplayer (Black screen after playback)

CO se titulků týká, je možné, že ty tvé ve videu zrovna nejsou podporované. Viz https://github.com/huceke/omxplayer/issues/59 (samozřejmě je to starší thread, je možné, že chyba je jinde). Doporučuju kouknout do logu omxplayeru (parametr -g)