Enterprise aplikaci bych určitě radši dělal v .NETu než ve zbylých dvou. Malý a rychlý server pro Single page aplikaci zase v Node.js. PHP má spoustu "hotových" řešení pro různé eshopy, redakční systémy a pod.
Ale ve všech jde nakonec v zásadě udělat to samé, záleží na konkrétních požadavcích a často nakonec i na osobních sympatiích.