S Javou 9 som ešte nerobil, ale asi to bude to isté. To, čo hľadáte sa volá uber jar alebo fat jar. Pre Maven a Gradle sú na to pluginy, ktoré nakonfigurujete a v rámci buildu sa vytvorí takýto jeden výsledný jar súbor. Pre Maven existuje Apache Maven Shade Plugin, pre Gradle existuje Gradle Shadow plugin. Ako to nastaviť závisí od toho, ktorý z nich použijete.