Dej před css lomítko:
<link rel="stylesheet" type="text/css" href="/css/default.css">bude to pak brát všude cestu www.example.com/css/default.css
a v .htaccess před RewriteRule dej podmínku RewriteCond vylučující v REQUEST_URI tu složku css nebo jen ten soubor /css/default.css (jak na to si najdi na googlu).