Tohle je již validní (vyzkoušel jsem):

function makeList($array){
      if (is_array($array)) {
        $pridej_ul=false;
        foreach ($array as $key => $subArray){
          if (isset($subArray["url"])) {
             $pridej_ul=true;
             $output .= '<li>';
             $output .= '<a href="'.$subArray["url"].'">'.$subArray["name"].'</a>';
             $output .= makeList($subArray);
             $output .= '</li>';
          }
          else $output .= makeList($subArray);
        }
        if ($pridej_ul) $output = '<ul>'.$output.'</ul>';
      }
      else $output = ''; 
      return $output;
}

Pokud chceš ještě ty složené odkazy, pak je jednou z možností vkládat části odkazu do rekurzívní funkce jako argument.
Přenechávám za cvičení, neboť musím jít běhat s psíkem, než se vyrojí magoři s petardami.