Instalace běžného balíčku v takovém případě zřejmě bude vyžadovat repackaging plus část věnovanou uživatelským profilům (tedy doinstalaci poté, co se prvně uživatel po instalaci přihlásí).

Chrome for Work MSI jsem nikdy nedebagroval, je možné, že si vystačíš s MST souborem a konfigurací. Tady jsem po zběžném hledání našel docela vyčerpávající popis:
https://serverfault.com/questions/635202/how-can-i-customize-the-default-settings-when-deploying-google-chrome-for-busine