Predne JNA neni knihovna, je to obecne rozhrani z Javy do nativniho kodu. Takze muzes treba volat funkce z WinAPI nebo z nejakych dll knihoven. Osobne jsem to pouzil jen jednou, ale ne na WinAPI - coz potrebujes ty. Zkus googlit.

PS: Nedelej to. Prijdes o multiplatformost aplikace. Pak se nabizi otazka proc to vubec psat v Jave, kdyz treba .NET bys tohle udelal daleko snaze.