Tak už jsem na to přišel, problém je v položce servr příchozí pošty "IMAP" A "POP3". Účet založení ručně má možnost výběru položky "POP3" a tento má políčko v nastavení e-mailu, které se zaškrtne "zachovat na servru kopie zpráv", kdežto automat je bez možnosti výběru a ten vám rovnou přiřadí servr příchozí pošty na "IMAP" a tam to políčko neni a proto vám zprávy ze servru zmizí.