Na MDL určitě někde nějaké návody budou.
Já bych na to šel tak, že bych si udělal wim s aktualizacema.
A druhej wim tak, že bych ten první aktualizovaný nainstaloval ve virtuálce, pustil net a nechal jej kompletně zaktualizovat, poté jej odchytil a oba wimy pomocí Beyond Compare porovnal.
Udělal seznam věcí, které jsou tam navíc a pak zjišťoval jak se dají shánět a jak integrovat.
Podle mě to budou balíčky (takže se budou instalovat jako KB aktualizace) a appx package se zas instalují příkazem.
Asi to nebude nic těžkýho 
Když tak někdy pozjišťuju na rs4, teď se mi to už nechce zkoušet na rs3, když každou chvíli tu je rs4.
Jo a k té tvé chybové hlášce při integraci, mně to normálně v pohodě integrovat šlo, všechny tři (včetně těch dvou zbytečných ):
G:\tmp>Dism /mount-wim /wimfile:install.wim /index:1 /mountdir:mount
Mounting image
[==========================100.0%==========================]
The operation completed successfully.
G:\tmp>Dism /Image:mount /Add-Package /PackagePath:Windows10.0-KB4090914-x64.cab
Processing 1 of 1 - Adding package Package_for_KB4090914~31bf3856ad364e35~amd64~~16299.251.1.0
[==========================100.0%==========================]
The operation completed successfully.
G:\tmp>Dism /Image:mount /Add-Package /PackagePath:windows10.0-kb4089848-x64.cab
Processing 1 of 1 - Adding package Package_for_RollupFix~31bf3856ad364e35~amd64~~16299.334.1.4
[==========================100.0%==========================]
The operation completed successfully.
G:\tmp>Dism /Image:mount /Add-Package /PackagePath:Windows10.0-KB4051613-x64.cab
Processing 1 of 1 - Adding package Package_for_KB4051613~31bf3856ad364e35~amd64~~10.0.1.0
[==========================100.0%==========================]
The operation completed successfully.
G:\tmp>Dism /Image:mount /Add-Package /PackagePath:Windows10.0-KB4056887-x64.cab
Processing 1 of 1 - Adding package Package_for_KB4056887~31bf3856ad364e35~amd64~~10.0.1.0
[==========================100.0%==========================]
The operation completed successfully.
G:\tmp>Dism /Image:mount /Add-Package /PackagePath:Windows10.0-KB4088785-x64.cab
Processing 1 of 1 - Adding package Package_for_KB4088785~31bf3856ad364e35~amd64~~10.0.1.0
[==========================100.0%==========================]
The operation completed successfully.
G:\tmp>Dism /unmount-wim /mountdir:mount /commit
Image File : G:\tmp\install.wim
Image Index : 1
Saving image
[==========================100.0%==========================]
Unmounting image
[==========================100.0%==========================]
The operation completed successfully.