Tak som to ešte nevyriešil,.... narazil som troška na problém. Ako môžem zmeniť skrz JS hodnotu <base href="/"> z externého súboru (načítaného cez relatívny link), ak index.html je v domain.com/neco/app/index.html a pred zmenením hodnoty <base href="/"> neviem načítať ten externý JS súbor ktorý by to mal zmeniť? napadlo ma načítať ten JS ešte pred tagom <base> akurát problém je pak to časovo sériovo vykonať tak aby som načítal skorej JS súbor, pak sa načítal <base> tag v index.html potom vykonať JS (zatiaľ zdržať načitávanie index.html súboru), potom zmeniť base href a potom pokračovať v načitávaní index.html.