Aniž bych ho tady chtěl nějak doporučovat, umí to zdarma i CCleaner.
Např tady je foto.

Jinak si to můžeš naprogramovat sám, stačí ukládat hashe souborů a pokud se shodují (po porovnání), tak soubory vypsat. Poměrně triviální.
Rychlost nelze ovlivnit, protože technologicky musí se musí vždy načíst hash souboru.