Špatným nastavením BIOSu určitě počítač nezačne postupně zpomalovat. Spíš množství věcí, které se spouštějí při startu přesáhlo únosnou mez. Taky nejde vyloučit nějaký spyware apod. K formátování disku pod Linuxem a výměně disku při zapnutém PC se raději vyjadřovat nebudu.
Takže klasika: podívat se do Správce úloh/Procesy na zatížení CPU, vyházet blbosti z msconfig/startup, projet SUPERAntiSpyware…