Nepomůže to v případě, kdy máš:
- velký disk, který nikdy nebyl zaplněný úplně
- SSD disk

Naopak to pomůže v případě, kdy se ti podařilo někdy v minulosti zaplnit disk skoro úplně. V takovém případě došlo k velké fragmentaci a srovnání disku by pomohlo - zrychlí se čtení z disku

Další specifické použití je při zmenšování fyzické velikosti disku ve virtuálních strojích - tam potřebuješ přesunout vše na začátek, přepsat volné místo nulami a disk pak můžeš fyzicky zmenšit.

Co se týká obav - ty mít nemusíš. Defragmentace není nic jiného než zkopírování souboru na jiné místo disku tak, aby byl pokud možná v jednom kuse.