HTTPS používáte, ale chybně. Návštěvníkům se zobrazuje hlášení, že některé části stránky nejsou zabezpečeny. Když už to HTTPS chcete, zajistěte, aby se přes HTTPS načítala kompletní stránka, včetně všech obrázků. Ty na HTTP jsou například:
http://beskydske-hrebenovky.cz/animace1.gif
http://beskydske-hrebenovky.cz/logko.png
http://beskydske-hrebenovky.cz/wp-content/uploads/2018/04/v%C3%BDstupn%C3%AD-fotka-pro-novinky.jpg

O tom, že v názvech souborů na webu není vhodné používat diakritiku jste již jistě taky slyšel.

Na první pohled však v kodu žádný malware nevidím. Kontroloval jste změny souborů přes FTP?