Je daný skript označený atribútom executable? Osobne by som to púšťal bez shellu a použil sys.executable ako interpreter - t.j. prvý argument popen by bol [sys.executable, "skript.py"]. Proces má metódu communicate, pomocou ktorej sa dostaneš k štandardnému chybovému výstupu, kde môže byť informácia, čo zlyhalo.