co máš furt s tím putty? To je naprosto nepodstatný winklient pro SSH?!

Ty zjevně řešíš bash, tak se nauč hlavně ten, protože z dotazu jednoznačně plyne, že vůbec nevíš, čím se zabýváš!

Tvůj problém řeší manpage k příkazu passwd.
Technicky máš 2 možnosti, podle toho, jaké distro používáš.

pokud passwd má podporu pro parametr --stdin, pak takto:

echo "heslo" | passwd pepauser --stdin

Pokud podporu pro stdin nemá, pravděpodobně bude v distru příkaz chpasswd, ten pak použiješ takto:

echo "pepauser:heslo" | chpasswd

edit: třetí a vysoce lamerská cesta je přes nástroj expect, který se užívá k automatizaci.
edit2: jen magor bude "testovat" na rootovi. Tyhle windowsoidní zlozvyky tě vytrestají, dříve či později.