Hľadaj na nete príklad pre cmd.exe (ako Správca) : unhide attribute folder. Hodne sa ti toho okotí.
https://appuals.com/hidden-attribute-greyed-out-windows-7-8-and-10/

Zložky sa týmto spôsobom nešifrujú, akurát im ako bonus môžeš odstrániť prístupové práva. Lenže to sa dá ľavou zadnou retroaktívne napraviť, navyše po prekopčení na druhú mašinu alebo otvorení zložky na fleške v inej mašine si OS nejaké práva z vlastnej vôli zložke priradí, teda bude zložka čitateľná.

Radšej si šifruj súbory a zložky nejakou zipkou, napr.: WinRar je velice vhodný nástroj, prípadne 7z, ten je free a má najlepší komprimačný algoritmus medzi zipkami.