spusť regedit.exe, zkontroluj jestli máš v proměnné "autorun" nějaký obsah:

[HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Command Processor]
"AutoRun"="něco"

nevadí když tam něco je, ale musíš vědět proč jsi to tam dal.
třeba já tam používám:

"AutoRun"="title %username% @ %userdomain%"

další možnost: soubor cmd.exe je zavirovaný nebo poškozený.
mohl by to opravit nouzový režim a příkaz:

sfc /scannow

bohužel, spouští se právě z toho cmd.exe - proto aspoň ten nouzový režim.