1) oba disky budou stále vidět, potom budou mít společný bootloader na prvním disku. typicky se instaluje nejdřív starší systém, potom na druhý disk novější.
vřele doporučuju nechat pro win10 mbr disk pro pozdější možné snadné oddělení disků (bootloaderů) od sebe. systémy se budou volit při startu z nabídky v bootloaderu.

2) druhá možnost je nainstalovat každý systém zvlášť, ideálně se zapojeným jediným diskem, nebo aspoň ať je zapojený na sata kabelu s nejnižším číslem. systémy se potom budou přehazovat volbou pořadí v biosu.