/swap/ šifrovat IMHO nejde, nikdy jsem to nezkoušel, tam stejně nic zajímavého není.

V Linuxu se ti tam breberky nedostanou, když nebudeš pracovat pod Rootem. Šifrovat něco jiného, než /home/ je dost paranoia, tam nic zajímavého nikdo nenajde, vše si může sám nainstalovat. Ani v /etc/ také není nic důležitého, vlastní nastavení a nastavení aplikací je v /home/user. Máš tam něco supertajného na vypouštění raket, že se obáváš, že se někdo bude tak namáhat? Doporučuji šifrovat jen /home/.