Áno, podľa mňa uvažuješ správne. Návrh ako si predstavuješ gui je dobrý nápad, ale tým to celé len začína....
Popis tej aplikácie si síce načrtol, ale ako si správne poznamenal nie si programátor.

Z pohľadu programátora je treba "ošetriť" veľa vecí napr. :

zmienil si obojsmernú komunikáciu Arduino <-> PC, nejaký "časovač" (zatiaľ neznámy pojem)...to je v poriadku, ale možno si treba stanoviť aj nejaký komunikačný protokol. Na strane Arduina musíš presne vedieť v akom tvare
Ti príde nejaký povedzme "príkaz" a Arduino musí presne vedieť ako sa zachovať. Čo ak príde nejaký "nezmysel" ? Máš to ošetrené ? Atď, atď, atď....

Keďže už mám za sebou niekoľko projektov, ktoré komunikujú cez sériovú linku a nie je to len RS232 (COM), ale aj komunikáciu cez RS485, viem o čom hovorím...