Lze zvolit mnoho způsobů šifrování od plného šifrování na úrovni disku (firmware ntb si řeší autentizaci), nebo šifrování oddílů, nebo šifrování v userspace, nebo jednotlivých způsobů. Pro tebe bych doporučil buď šifrování celého disku případně, jeho softwarovou variantu LUKS/dmcrypt

Mimochodem, OS jsi zvolil x=?

zálohování to trochu komplikuje, je nutné data bezpečně přenášet a mít přístupná pro tyto ucel. V tom neporadím