FAT32 nevidím jako problém. Dneska už nemá takový význam, protože NTFS podporuje linux i různé mediální přehrávače celkem bez problémů. Dřív (v dobách, kdy dožívaly počítače s windows 98 to byla jediná volba).
Linux poskytuje celkem podrobné informace (nabídka příslušenství/disky), ze kterých by se dalo určit, v čem je problém. Tam je vidět, jaký je systém rozdělení a jaké jsou jednotlivé oddíly. Jak linux, tak windows FAT32 zvládá, i když jej windows odmítá aplikovat na disky větší 32 GB.
Windows se občas s diskem nedohodne, třeba kvůli nedostatečnému napájení přečte jen začátek a pak už nic a ukazuje tabulku rozdělení ale systémy souborů jsou RAW, protože ty už nenačetl. Stalo se mi to vícekrát. A asi by se to stalo i v linuxu, kdybych tam neměl dostatek USB a měl tam rozbočovače.