Já myslím, že tě pár (možná desítka a něco) minut nezabije, když zálohu provedeš z bootovacího média. Jistota je jistota... zálohovat běžící Windowsy je IMHO riskantnější. Slepě věřit se někdy nemusí vyplatit, zvláště v tak otravné (a časově náročné) věci jako je kompletní reinstalace systému s aplikacemi.