tak až to budeš mít reinstalované do čistého stavu, s ovladači a aplikacemi, zatím tebou nezasviněné, bude rozumné si udělat zálohu posledního funkčního stavu.
na to se hodí mít rozdělený disk na pouze systém s programy a zvlášť na data, pak použít libovolný rozumný program (acronis true image, easeus todo backup, aomei backupper, ...)

vím že rozdělení disku je nad fantazii uživatelů, tak prostě odstěhuješ data na externí disk, pak dáš kontrolu disku, až po ní má smysl defragmentace. přidáš rezervu 100% a zhruba víš, jak si zvolit velikost systémového disku.
"soubory na ploše" jsou truhlíkovina, tam patří maximálně zástupci, všechna data pryč (na nové d:)

mimochodem, už tak 10 let je naivní věřit na viry i na antiviry, které by je dokázaly odstranit, dávno převažuje jednodušší malware jiného typu, na který staré antiviry nestačí.
samozřejmě je normální žádný malware si neinstalovat, dokázat si zkontrolovat co za bordel si uživatel nechává spouštět (ms autoruns), nebo vyčistit nežádoucí dopňky v prohlížeči (adwcleaner).
i to vyžaduje nějakou mozkovou kapacitu, a holt každému není shůry dáno.