Nebolo by zlé pridať do časti medzi čítaním a zápisom kúsok kódu, kde si skontroluješ aké dáta tam máš. Lebo program sa ti chová rôzne len preto, že nemá vždy rovnaké podmienky. Však ale to vidíš vždy podľa obsahu toho output.txt

Raz tam máš tie tri čísla ako čakáš, inokedy tam je možno len jedno číslo. A inokedy iba nejaký text namiesto čísla, nejakú chybu.