16 Gb je na základ zcela dostačující a stále akceptovatelné, Server (SoC ARM) provozuji na zařízení s 8Gb eMMC. Systémové složky, aplikace bych na externí disk určitě nutit nedoporučoval, i když link (unixový symbolický odkaz ln -s) pro web stránky Apache na externím HDD jdou.

ln -s /Volumes/externi_disk/MUJ_DISK /Users/tvuj_ucet/Sites

otázka je jak ho připojím do serveru ?

Záleží jestli ten externí HDD chceš na pevno jen pro to Ubuntu, nebo ho budeš vysouvat a používat i pro jiné operační systémy. Jinak bych zvolil "ext4".
Pak si vytvoříš zaváděcí bod třeba :

mkdir externi_disk

Nechaš si vypsat disky, najdeš ten svůj:

sudo fdisk -l

A noumountuješ ho

mount /dev/sda1 externi_disk/

(nastavení práv nechávám dle potřeby na tobě, možná bych zvolil i základ na Debian 10 + kernel 5*, alespon mně se osvědčil)