koukám na hodnoty z toho vbs skriptu - zapisují se jako maska různých hodnot, každá změna se musí znovu spočítat proti aktuálnímu nastavení (jak píšeš, záleží i na verzi os):
https://www.sevenforums.com/tutorials/1908-visual-effects-settings-change.html
skript jen zapisuje do registru, obdoba "reg add". to neovlivní všechny hodnoty za běhu, často potřebuje nové načtení: znovupřihlášení uživatele nebo restart explorer.exe. ale to si tazatel vyzkouší.

v batce nemá význam stejné příkazy provádět 2x.
za sporné považuju celý klíč(!) nejdřív smazat, u služby novějších windows to možná ani nepůjde, a pak obnovit pouze hodnotu start se zákazem. stačilo ji zapsat rovnou, bez zničení informací o službě.
příkaz reg add bez parametru /f skončí otázkou, jestli se má provést.
pozitivní smysl té batky mi uniká, stejně tak souvislost nastavení mouse class se vzhledem oken.