Zalezi, z jakeho formatu to chces do toho MKV.
Treba HandBrake umi bud jeden soubor a nebo vyberes zdrojovy adresar a on bere vsechny nalezene postupne (v tom aktualnim adresari, ne ve vsech, ktere tam mas).
Jiste - pokud to mas rozfrcane po celem HDD, bude problem...