Už jsem to vyřešil. Zjistil jsem, že problém byl v tom, že jsem měl před nadpisy ručně napsaná čísla - např. 1. ÚVOD, 1.1 XY, 1.1.1 ZŽ ... A do nadpisu jsem označil pouze jméno nadpisu bez čísel a Wordu se to nelíbilo. Po označení nadpisu včetně čísla, je vše ok! I tak díky.