Na to potřebuješ program, který ti to projde soubor po souboru, adresář po adresáři.
Musí předávat soubory postupně a se správnými parametry (Vstupní názvy souborů, výstupní názvy souborů, konfigurace výstupního souboru mp4).

Není to akce na 5 minut a troufám si říct, že klasický programovací jazyk je na to lepší, než nouzovka batch file.

A nakonec nevidím tady nikde nabízenou cenovku, co za tu práci.